Cornelis Schuyt was de zoon van Floris Schuyt, organist van de Pieterskerk en de Hooglandse Kerk in Leiden. Na een studiereis door Italië gemaakt te hebben, kreeg Cornelis in 1593 een aanstelling naast zijn vader in de beide Leidse kerken. Daarnaast had hij de verplichting allerlei muzikale taken te vervullen in stedelijke dienst. In hetzelfde jaar trouwde hij, maar het huwelijk bleef kinderloos. Na de dood van vader Floris in 1601 werd Cornelis hoofdorganist. Hij stond tijdens zijn werkzame leven in hoog aanzien; hij werd begraven in de Pieterskerk.
Cornelis Schuyt liet drie bundels madrigalen verschijnen. Twee daarvan zijn voornamelijk op Italiaanse teksten van onder andere Torquato Tasso en Petrarca geschreven; de derde op Nederlandse teksten van onder meer Daniel Heinsius. Een vierde bundel van Schuyt bevat zesstemmige instrumentale werken, geschreven in de twaalf modi. Orgelmuziek van Schuyt is niet overgeleverd.
Schuyts schrijfwijze is zuiver renaissancistisch; invloeden van de moderne Italiaanse monodie van componisten als Claudio Monteverdi treft men in zijn werken niet aan. Dat maakt Schuyt tot een duidelijk conservatiever componist dan zijn beroemde tijdgenoot, de Amsterdammer Jan Pieterszoon Sweelinck.